Тысячу лет назад Землю уничтожила раса Гауна - гигантские практически неуязвимые пришельцы. 'Сидония' - один из межзвездных кораблей-городов, на которых выжившие люди странствуют по космосу и ищут новый дом. Одновременно жителям 'Сидонии' приходится отбиваться от нападений Гауна - для этого созданы специальные роботы, Стражи.
Нагатэ Таникадзэ вырос на заброшенных нижних уровнях 'Сидонии'. Случайно оказавшись наверху, он был обнаружен военными, которые заметили в юноше талант к управлению боевыми механизмами и назначили его пилотировать 'Цугумори' - Стража старой модели. Теперь Нагатэ и его собратьям-пилотам предстоит выжить в почти безнадежной войне против Гауна...
